连年战乱使长沙物价腾贵，居大不易。咸丰五年二月，王闿运听从岳父蔡荣森安排，以蔡夫人“押箱钱”二百四十金，赁湘潭明冈（今湘潭锦石乡）张姓一大宅，当地人称“桐树屋场”，移家避兵；为维持一家生计，只身应邓辅纶邀，赴武冈邓家教其子弟课读。五月蔡夫人率婆婆及长女无非迁居明冈。时局动荡，烽火连年，王闿运只身住在偏僻的武冈山城，每年回家一两次，这样的日子从二十四岁到二十七岁，前后达三年之久。

乱离之际思亲之情更盛，山高月小，夜露上来，遥念明冈老母、娇妻、稚女，王闿运经常难以入梦。咸丰五年七夕立秋，恻然有诗：

佳期秋信恨绵绵，不羡鸳鸯却羡仙。

一角红墙二分月，至今桐树在门前。

武冈的教馆生涯，虽饱偿离愁别恨，生活倒也比较安定，此时王闿运于诗文词章外开始研经习礼。前述“九岁毕诵五经”，“十五明训诂”，只是一般的诵读，还称不上真正意义上的研习。我们知道，封建社会最重视经学，知识分子如果对经学没有研究，往往被人瞧不起。学术界普遍认为六经是一切学问的根柢。王闿运少小就有郑玄左列经籍右陈女乐、遍注群经之志，因为礼经是经籍中最深奥难读的，所以他决定从习礼开始，初撰《仪礼演》，稿经数易，后来定名为《礼经笺》；咸丰六年，又开始治《今古文尚书》。治经之余，他还广涉子史杂学，编选高适、岑参、王维、孟浩然、李白、杜甫、韦应物、储光羲、钱起、常建《唐十家诗钞》，并加以圈点评骘，语多发前人所未发。

王闿运不仅是读书的种子，也是王佐之才。避处武冈，他一刻也没有停止对时局的留意和对未来的规划。咸丰七年，湖南补行因战争耽搁的壬子、乙卯两科乡试，秋闱及期，王闿运刚回明冈八天，心想沿途寇盗充斥，考官必不能到，正不准备去赴考。直至考期前一天，母亲催促，闿运快马一匹，急驰一百六十里，总算没有耽搁考期。乡考的座主杨泗荪、钱桂森、房考官鲍聪，展读王闿运之诗文策论，激赏其文采，以第一名册送，最后以举人第五中式。王闿运在咸丰七年的《七夕诗》记录了这个片段：

三岁相思八日留，回看锦湾月如钩。

天边自有乘槎路，消尽痴牛騃女愁。

举人唾手而得，乘槎路正宽，不再会有为谋生而分离、而相思相煎了。这是王闿运一生中难得的快意之诗。

王闿运的目光和胸次绝不只是“一日看遍长安花”。他用书信的形式与前线作战的湘藉将领保持着联系，战局变化壑然在胸；他不忽视任何一种机缘，以完成他未来的布局。时湘军迭遭重创，曾国藩正困守南昌。咸丰八年二月，曾国藩接到了父亲病故的讣告，于是委军不顾，奔丧回里。三月，王闿运亲往湘乡曾国藩家吊唁。六月，又专程从武冈赶至长沙为再出的曾国藩送行。十月，湘军精锐劲卒李续宾部六千余人于三河一役遭太平军全歼，曾国藩之弟曾国华战死，曾国藩驻江西建昌，陷于被动，十一月，王闿运谐邓辅纶在最困难的时候至建昌看慰曾国藩。这些事件，看似寻常应酬，实则有非常意义。稍后，王闿运入肃顺幕，正好运用了这一资源。演绎这段史事，我们认为决非巧合。

建昌位于江西东南，据抚河上游，府治在今南城县麻姑山麓。当时，曾国藩的大营扎在府城外的凤岗书院，幕府只有李元度、许振祎和李鸿章少数几个人在曾国藩身边。王闿运的到来，为满肚子苦水的曾国藩带来了些许安慰。王闿运在军营中停留了三天（《年谱》说停留经旬，此处从《曾国藩日记》），短短的三天，据《曾国藩日记》记载，“谈至三更”的有二次，他们究竟谈了些什么呢？没有留下任何的文字记载。王闿运为什么要提前半年动身参加第二年的会试？为什么要取道江西看望曾国藩，而不是经湖北、河南入京？为什么王闿运入肃顺幕不久，曾国藩即署任两江总督，取得清廷信任？这三者之间的奥秘不难推想。十二月十三日临行前，王闿运写下了一首题为《建昌军中夜月感事赠曾侍郎，时有三河之败》的古风，记录当时情形。数十年后，又应王霞举之子请，作《王兵备诗述》。王霞举即曾国藩客军孤悬建昌时的南城知县，工诗文，事曾极谨，且为曾军筹粮出过大力，曾国藩发达后，对患难中给以支持的王霞举却视同路人。《诗述》有助于我们理解曾国藩客军孤悬的处境以及王闿运与曾国藩的微妙关系。摘录如下：

“君臣朋友之交，莫笃于忧患。若其艰危煦濡，相从颠连，尤足贵也。方昔咸丰已、庚之时，天下汹汹，无百里坦途。群帅披猖，而曾太傅尤无所投足。余间关往建昌视之，率从横尸衣裙上过车。曾率羸军饥卒居城旁，寒月漠漠如塞外沙霜。慰问客军之穷，则为余具述：地主齿奇齿乞，州县承风，莫肯供支。而曰：此间县令，实能违众而尽礼，以长官事我，则临桂王群霞举也。其时二李（瀚章、鸿章）兄弟、李次表、许仙屏俱在幕府，又交口誉之，且称为文人。……及曾军定江南，余隐衡阳……，君随例补甘肃巡道，每念建昌之游，麻姑山翠，城灯幕柝，诗酒往来，犹可念也。……”

肃顺为首的当朝实权派要网罗湘军集团，形成实力，对付以那拉氏为首的后党集团；曾国藩为首的湘军集团要顺手施为，不受掣肘，成就事业，谁来居中斡旋呢？王闿运当然是最佳人选。肃顺、曾国藩在利用王闿运，王闿运也在运筹肃顺和曾国藩这两股空前的势力。草蛇灰线，伏笔千里，这才是王闿运的胸次，王闿运的纵横。